方舟商店，也被称为魔法工坊，是游戏中一个提供魔法道具兑换和制作的特色区域。玩家可以在商店内使用蜡烛或完成特定任务来获取各类魔法物品，包括身高调整魔法、功能型魔法以及装饰性道具。这些物品不仅能提升游戏体验，还能为角色带来独特的外观变化。解锁方舟商店需要先完成魔法季先祖的六色流光任务，之后才能自由访问商店内的各项功能。
方舟商店主要分为三个区域，每个区域提供的魔法类型各不相同。第一个区域位于遗忘方舟中间断开处，主要提供身高类魔法，如大只佬和小不点，允许玩家调整角色身高。第二个区域在方舟左侧，提供功能型魔法，包括漂浮魔法和光能药剂，前者能短暂提升飞行能力，后者可补充能量。第三个区域在方舟右上方，每日刷新免费魔法，玩家无需消耗蜡烛即可领取。
除了魔法道具，方舟商店还提供部分装饰性物品，例如烟花魔法和璀璨之星。烟花魔法可用于社交互动，释放后会产生绚丽的视觉效果，适合与其他玩家共同庆祝。璀璨之星则是一种光效道具，能为角色增添独特的光环。这些物品通常需要消耗蜡烛兑换，因此建议玩家提前储备足够的蜡烛资源。商店内的物品会定期更新，部分稀有魔法可能需要等待特定时间才能再次出现。
方舟商店的另一个重要功能是魔法研制系统。玩家可以收集特定材料，在商店内合成基础魔法，例如元气满满和光能药剂。研制魔法需要一定数量的星光或季节蜡烛，因此建议优先完成每日任务以积累资源。部分高阶魔法需要解锁特定先祖节点才能制作，因此探索游戏世界并收集先祖记忆是长期目标。
