船票是开启后续岛屿探索的核心道具，玩家在帮助正辉博士从皮皮形态恢复人类后会自动获得它，这个过程发生在华蓝市北部的25号路尽头小屋，需要提前准备好会一字斩技能的宝可梦来通过路上的障碍。拿到船票后，玩家需要前往枯叶市的码头，将船票出示给检票员即可登上圣安奴号游轮，登船前建议调整好队伍状态，因为船上会有一系列对战挑战，包括与宿敌小茂的较量，这些对战能为宝可梦提供不错的经验值提升。
玩家需要逐间客房与训练家对战，全部击败后前往船长室，通过帮助船长按摩背部来获得秘传技能一字斩，这个技能不仅能清除游戏中的小树障碍，还是进入电系道馆或岩山隧道等关键区域的必备工具，船只在完成这些剧情后才会正式启航。
船启航后，玩家会抵达一系列岛屿，包括1号岛到7号岛，这些岛屿扩展了三周目后的游戏内容，例如在1号岛的灯火山顶可以捕捉传说宝可梦火焰鸟，而7号岛的训练塔则提供高强度对战，岛屿地形中还融合了推石头和滑冰等特殊机制，大大丰富了探索体验。如果玩家错过了正辉博士的支线，还可以通过其他方式获得船票，例如在英文版本中，进入商店填写特定单词到留言簿可能触发神秘礼物，但完成剧情任务是最直接的方法，它能确保玩家顺利进入岛屿剧情，无需额外步骤。
