在三国志战略版的后期阶段，军师的选择直接影响部队的综合战斗力和资源管理效率。后期军师应优先考虑具备资源增益、战斗强化或特殊战术功能的武将。鲁肃的军师技能可提升所有部队城外征兵速度45%，且不消耗策力，适合需要快速补充兵力的持久战；郝昭的修城皮技能能有效维持城池功能性，在防守战中尤为重要；郭嘉的碰瓷省资源技能可减少消耗并获得收益，适合资源紧张时期使用。
后期军师的选择需结合当前战略重心进行调整。若以防守为主，曹仁的驻守技能能提供强力防御支持，其驻守时间越长治疗率越高的特性适合消耗战；若侧重资源运营，董卓的补兵技能可瞬回1万兵力且仅消耗粮食，配合豪华营帐能极大缓解前线压力；李儒的翻地技能可快速提升资源产出，为长期作战提供保障。这些技能在赛季后期资源争夺和城池攻防中具有不可替代的作用。
部分军师技能需要通过熟练度提升来强化效果。每次使用军师技会消耗计略点，每两点计略点增加1点熟练度，50%熟练度约需消耗100点计略点。例如貂蝉作为军师时，满级熟练度可使吕布自带战法发动率额外提升10%，这种成长性设计要求玩家提前规划军师培养路线。初始每支队伍策略点为30点，恢复速度为每30分钟1点，需合理分配使用频率。
特殊武将的专属军师技在后期展现独特价值。赵云的单骑冲阵可无视地形突击，适合渊骑、虎臣等突击流队伍；诸葛亮的石兵八阵能限制敌军行动，在阵地战中效果显著；貂蝉的红颜惑心能改变吕布战法机制，配合特定阵容可产生质变。这些专属技能往往具有不可替代的战术价值，但需注意个性加成可以让武将突破兵种限制使用特定军师技。
